Alle drei Jahre wechselt der Vorsitz des Vereins zwischen den beiden Landkreisen Bad Kissingen und Rhön-Grabfeld. Derzeit hat Thomas Habermann, Landrat des Landkreises Rhön-Grabfeld, das Amt des 1. Vorsitzenden inne.
Die klassische Aufgabe von Naturparken ist der Erhalt und die fortwährende Entwicklung von großräumigen Kulturlandschaften, der Schutz der heimischen Lebensgemeinschaften, sowie der Förderung einer nachhaltigen Regionalentwicklung sowie eines naturverträglichen Tourismus (z. B. Wanderwegenetz und Moutainbike). Neben diesen Aufgaben arbeitet Geschäftsführer Klaus Spitzl auch in der Arbeitsgemeinschaft Rhön, ein Zusammenschluss der fünf an der Rhön beteiligten Landkreise und der jeweiligen Trägervereinen.
Der Naturpark und Biosphärenreservat Bayerische Rhön e. V. erfüllt außerdem den Auftrag zur Umweltbildung, Bildung für Nachhaltige Entwicklung und Information. Als Mitglied im Verband Deutscher Naturparke e. V. ist er Teil eines dichten Netzwerkes zur Weiterentwicklung und Wertschätzung der heimischen Naturparke.
Alle drei Jahre wechselt der Vorsitz des Vereins zwischen den beiden Landkreisen Bad Kissingen und Rhön-Grabfeld. Landrat Thomas Bold ist im Augenblick der Stellvertreter von Landrat Thomas Habermann.
